Die GWMT ist ein eingetragener Verein und wird als solcher von ihren Mitgliedern organisiert. Auf der jährlichen Mitgliederversammlung entscheiden die Mitglieder über Maßnahmen zur Förderung und Weiterentwicklung der Fächer Geschichte der Wissenschaften, der Medizin und der Technik, die die GWMT als wissenschaftliche Fachgesellschaft zum Ziel hat.
Die GWMT ist die mitgliederstärkste Vereinigung von Forschenden in diesen Bereichen im deutschsprachigen Raum.